研磨過程是通過研磨珠和樣品之間的劇烈碰撞和摩擦來完成的。在這個過程中，隨著熱量的增加，溫度會升高。速度越快，熱量越高，溫度越高。
隨著應用方向的不斷拓展，越來越多的領域可以使用研磨機，但隨著研究的深入，研磨條件也在不斷細化，尤其是對于一些生物活性樣品。在研磨過程中，既要達到研磨效果，又要保證成分不流失，這就要求研磨樣品時溫升不能太高。
目前為了抵御溫升的影響，一般選用的方法是低溫預冷和加緩沖液保護，低溫預冷即將樣品預先放置到低溫環境中，一般為液氮或超低溫冰箱，液氮預冷的速度較快，且溫度較低，但不太適合新鮮動物安排，由于新鮮動物安排含水較多，經液氮冷凍后簡單構成冰塊，使樣品變得愈加不易破碎。另外，一些動物安排成分經液氮凍融之后簡單失活，也不能經受太大的溫度改變，所以動物安排研磨一般會選用緩沖液研磨或直接研磨。
研磨儀緩沖液研磨可以一定程度上保護樣品不過度升溫，但從另一方面也會吸收研磨珠撞擊的能量，故在緩沖液研磨時，一般要挑選更高的速度才行。加緩沖液研磨時，研磨時刻大于2min，且速度較高(≥1800rpm)時，溫度仍是會有所升高。為了有效的解決這一對立，選用了化整為零的方法，即將一個較長的研磨進程分為幾回來進行，每次研磨一段時刻中止一會，循環幾回，原理類似于超聲波破碎，舉個例子來說：如果原來研磨一個樣品需要1800rpm、3min，我們的主動研磨儀就可以將其分為3次進行，轉速不變，每次都是研磨1min，暫停30s，在3次過后樣品實際被研磨了3min，但由于每次時刻都較短，溫度不會升高太多，暫停進程中，由于有緩沖液還能降溫。這樣既確保了樣品的研磨效果，又確保了樣品溫度不會過度升高，可謂一舉兩得。
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